Les STEP actuelles retiennent surtout les nutriments tels que les phosphates et l’azote ainsi que les composés de carbone facilement dégradables. Mais des milliers de substances organiques synthétiques, incomplètement dégradées dans les STEP, pénètrent aussi dans les égouts et, par l’intermédiaire des eaux usées traitées, dans les eaux superficielles. Les STEP sont, avec les pesticides utilisés dans l’agriculture, les principales responsables de l’apport de micropolluants dans les eaux.
Les résidus de produits chimiques industriels, de produits de consommation et de médicaments représentent ensemble moins d’un milligramme par litre d’eau, mais il ne faut pas négliger le problème.
À la sortie des STEP, des modifications du foie, des reins, des branchies et des organes génitaux ont été observées chez les truites de rivière, sans qu’on puisse en déterminer la cause exacte.
Les perturbateurs endocriniens demandent à être particulièrement surveillés. De très faibles concentrations suffisent à déranger le système hormonal des êtres vivants. Comme les cours d’eau sont reliés en maints endroits à la nappe souterraine, il arrive que des micropolluants se retrouvent dans ces réserves d’eau potable, ce qui est problématique.
Des études évaluent aussi s’il vaudrait la peine de prétraiter les eaux usées dans des sources ponctuelles présentant une concentration élevée en déchets médicamenteux – dans les homes et les hôpitaux par exemple.

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