Les marais de Damphreux, sont constitués à la fois d'étangs et de marécages. Ils sont d'un intérêt scientifique et écologique considérable. Ils figurent au plan directeur cantonal dans la fiche 3.12, Sites et biotopes marécageux et plans d'eau. Ce site figure à l'inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale et fait partie de la liste des sites de reproduction des batraciens d'importance nationale. Ces statuts de protection garantissent aux agriculteurs des paiements compensatoires de la Confédération sur le long terme.
Suite à l'arrêt du 28 novembre 2007 de la Chambre administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, les marais de Damphreux seront mieux protégés par des zones-tampons suffisantes d'un point de vue écologique.
En effet, la Chambre administrative a admis partiellement le recours de la Fondation des marais de Damphreux et de Pro Natura concernant le plan d'aménagement local. Des zone-tampons supplémentaires devront être prévues ainsi que trois bandes herbeuses de 20 mètres servant de couloirs à batraciens entre les étangs et la forêt dans le secteur des Coeudres. Les bas-marais seront mieux protégés contre les apports d'engrais, de produits phytosanitaires, de sédiments et le maintien de la biodiversité est ainsi beaucoup mieux garanti.
Cette décision va dans le sens du développement durable avec la prise en compte des intérêts de l'agriculture et de la diversité biologique (protection des sols, qualité écologique, entretien d'un paysage riche et varié, environnement façonné par l'Homme, préservation de la faune et de la flore).
Dans la situation actuelle, seul un partenariat avec les habitants de la commune et de la région, ainsi qu'avec les autorités communales, permettra une mise en valeur optimale de toutes les potentialités de ce joyau naturel. La Fondation des marais de Damphreux a toujours favorisé le dialogue et poursuivra dans cette voie. Cette approche permettra d'augmenter l'attractivité de la région et le développement d'un tourisme doux. De plus, ces marais constituent un véritable laboratoire vivant où une multitude d'études pourront être menées par les étudiants et les naturalistes d'ici et d'ailleurs.